Bestimmte Arten sind natürliche Darm- und Vaginalbewohner und absolut notwendig für unser Wohlbefinden, andere jedoch sind Krankheitserreger. D. h., es kommt sehr genau auf die Milchsäurebakterienart an! Einige Arten werden therapeutisch bei Magen-Darm-Erkrankungen genutzt. V. a. der Einsatz bei bestimmten chronisch-entzündlichen Darm-erkrankungen, gestörter Darmflora nach Antibiotika-Therapie oder fehlender Ernährungsbalance und Reisedurchfällen ist gut belegt. Diese Bakterien hemmen nicht nur krankheitserregende Mikroorganismen, sondern auch «im Dünndarm verirrte Dickdarm-bewohner». Die Wirkung beruht v. a. auf Ansäuerung der Umgebung. Gewisse Arten wirken zudem durch Produktion biologisch wirksamer Substanzen (eine Art natürliches Antibiotikum). Einige Studien berichten zudem von einer Stimulierung des Darm-Immunsystems.
Zum therapeutischen Einsatz sind gereinigte und konzentrierte Milchsäurebakterienpräparate vorzuziehen. Nahrungsprodukte mit Milchsäurebakterien allein reichen aufgrund geringer und je nach Lagerung schwankender Menge meist nicht aus.
